Mi filete de lomo ibérico tiene SNPs y transcriptomas, ¿los utilizamos para mejorar su calidad?

El cerdo Ibérico se caracteriza por unos productos curados de excelente calidad y por una carne cada vez más demandada para el consumo en fresco debido a su mayor jugosidad. Estas características, que se deben fundamentalmente a su particularidad genética, son potenciadas cuando el sistema de producción es en extensivo. En este sistema tradicional de producción, los cerdos Ibéricos de Montanera realizan su fase de engorde en la dehesa, donde se mueven libremente y aprovechan sus recursos en otoño e invierno, alimentándose a base de bellotas y de la hierba disponible. Ello favorece la infiltración de grasa con un alto contenido en ácidos grasos monoinsaturados, lo que repercute en la calidad de la carne y de los productos curados y en su aceptación por parte de los consumidores.

La calidad de la carne se puede evaluar a partir de diferentes caracteres como la terneza, las pérdidas de agua o el color. Estos caracteres son heredables y se podrían incluir en programas de selección de cerdo Ibérico específicos para mejora de la calidad, si bien serían complejos y costosos de medir en un programa de mejora convencional y, además, es necesario comprobar que no exista perjuicio para otros caracteres de interés económico como los relacionados con el crecimiento o con el rendimiento de las llamadas “piezas nobles” (jamones, paletas y lomo) respecto al peso de la canal del animal sacrificado.

Para ello, investigadores del Centro Nacional de I+D en Cerdo Ibérico de Zafra y del Departamento de Mejora Genética Animal del Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA), en un proyecto que se desarrolla en estrecha colaboración con la empresa Sánchez Romero Carvajal Jabugo S.A., están trabajado sobre estos aspectos y han publicado recientemente dos artículos en los cuales se estudia la posible inclusión de estos caracteres en programas de selección de cerdos Ibéricos de Montanera utilizando, entre otras técnicas, la información proporcionada a partir de secuenciación genómica y transcriptómica.

En el primero de los estudios, publicado en la revista Journal of Animal Breeding and Genetics (https://doi.org/10.1111/jbg.12498), se estimó la heredabilidad de caracteres como la capacidad de retención de agua y el color, ambos en lomo fresco, y la terneza, en este caso tanto en lomo fresco como curado. Los resultados apuntaron a que los caracteres medidos en lomo fresco presentan unas heredabilidades con valores moderados y son susceptibles de ser incluidos en programas de selección. Sin embargo, parece que la variación observada en lomo curado se puede atribuir más a condiciones ambientales relacionadas con el proceso de curación.

En un segundo paso se llevó a cabo un análisis de asociación entre un panel de 32 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y estos caracteres. Como resultados más relevantes, se observó que dos SNPs localizados sobre el gen PRKAG3 tenían efectos asociados con diferentes caracteres de pérdidas de agua y el color del lomo fresco, y un SNP localizado en el gen CAPN1 estaría asociado con la terneza del lomo fresco. En concreto, los animales que tenían el nucleótido C o T en lugar de G o C en los SNPs rs319678464 y rs319678464 del gen PRKAG3 presentaban respectivamente un 9,31% y un 4,31% menos de pérdidas de agua por descongelado y por cocinado que la media. Asimismo, los animales que presentaban el nucleótido G en lugar de A en el SNP rs81358667 del gen CAPN1 mostraban un 5.54% menos de resistencia al corte (terneza) respecto a la media de la población. Por lo tanto, estos marcadores moleculares son más que prometedores y el siguiente paso consistirá en estudiar más a fondo si éstos pueden ser utilizados para seleccionar reproductores a partir de los genotipos de estos SNPs.

En el segundo trabajo, publicado en la revista Animals (https://doi.org/10.3390/ani10091715) se estudió el transcriptoma del músculo longissimus dorsi (lomo) en animales divergentes en sus valores genéticos de mejora para terneza, medida también en lomo. El transcriptoma lo componen todos los genes que se están expresando en un tejido concreto en un momento particular del tiempo. Las diferencias de expresión génica observadas en función de los grupos divergentes, así como su implicación en diferentes rutas biológicas que se pueden ver modificadas por la alteración en la expresión de éstos, nos permite poder detectar genes candidatos que puedan albergar polimorfismos que expliquen la variabilidad observada, en este caso en la terneza del lomo de cerdos Ibéricos.

Es bien sabido que en la terneza de la carne entran en juego una serie de procesos fisiológicos activados postmortem entre los que cabe destacar la proteolísis, que juega un papel clave en la transformación del músculo en carne. En el artículo se revelan una serie de genes diferencialmente expresados que están implicados en procesos proteolíticos (ACTC1, ANKRD1, CHRNA9, CTSC y RHOD). Además de éstos, otros genes implicados en el desarrollo del tejido muscular (DMD y FOS), metabolismo lipídico (FABP3 y PPARGC1A) y un gen que codifica para una de las proteínas que forman parte del procolágeno (COL14A1), también estaban expresados diferencialmente en los grupos de animales divergentes para terneza. Además, algunos de estos genes (ACTC1, DMD y FOS), también mostraban diferencias de expresión en un trabajo previo del grupo de investigación entre individuos divergentes para grasa intramuscular (https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00608). Aunque otros experimentos deben llevarse a cabo para demostrar funcionalmente que la expresión de estos genes está relacionada con la variabilidad observada en terneza, el siguiente paso consistiría en buscar polimorfismos dentro de estos genes con frecuencias alélicas extremas entre los grupos de animales con lomos mayor y menor terneza.

Ambos estudios son pasos preliminares, pero ofrecen resultados muy relevantes y prometedores para poder incorporar la información molecular a los programas de selección en cerdo Ibérico. Sin embargo, para poder ser aplicada realmente en programas de mejora, habrá que abordar otros estudios en los cuales se contemple el posible efecto adverso sobre otros caracteres productivos de seleccionar a los animales utilizando estos SNPs . El fin último de estos trabajos es añadir este conocimiento a los esquemas tradicionales de selección de cerdo Ibérico, en los que hasta ahora se utiliza sólo la información genealógica y fenotípica de los caracteres productivos convencionales, y poder mejorar en último término la calidad de carne de los productos Ibéricos.

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