Un equipo multidisciplinar del INIA evalúa la técnica de secuenciación por nanoporos para la detección de variantes del coronavirus

16 de abril de 2021

Un equipo multidisciplinar del Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (Centro Nacional INIA del CSIC), formado por los investigadores Miguel Ángel Jiménez Clavero y Jovita Fernández Pinero, del Centro de Investigación en Sanidad Animal (CISA) y Oscar González Recio, del Departamento de Mejora Genética Animal, junto con sus colaboradores, ha evaluado en términos de precisión y detección de variantes, diferentes químicas de la tecnología de secuenciación por nanoporos aplicada a la detección del virus SARSCoV2.

Los resultados del estudio, publicados recientemente en la revista Applied Microbiology and Biotechnology, demuestran que es posible usar esta tecnología para detectar variantes en el genoma del virus, incluso en muestras con baja carga viral. Una característica importante que distingue esta tecnología de la PCR es que no necesita disponer de una secuencia de referencia para obtener la secuenciación completa del genoma del virus. La fiabilidad de esta técnica depende en gran medida de la biocomputación para corregir los errores de la secuenciación. Sus ventajas incluyen una secuenciación rápida y la posibilidad de implementarla en la primera línea en hospitales. Una característica única en la tecnología de secuenciación es que además permite secuenciar el ARN directamente, acelerando así el proceso de diagnostico del virus en las muestras, e incluso detectar las modificaciones (metilaciones) en las bases del ARN viral.

Durante el confinamiento de marzo de 2020, el CISA puso sus recursos a disposición del Ayuntamiento de Madrid para el diagnóstico del coronavirus en personal esencial. Algunas de estas muestras han sido ahora secuenciadas en colaboración con el Departamento de Mejora Genética Animal del INIA, y han servido para poner a punto esta técnica de secuenciación por nanoporos que ayuda en las labores de epidemiología genómica y seguimiento de las mutaciones que aparecen en el genoma del SARSCoV2, y pueden dar lugar a las diferentes variantes del coronavirus.

Ambas unidades del INIA forman parte del consorcio SeqCOVID, iniciativa que tiene como objetivo avanzar en el conocimiento de la epidemiología genómica del SARSCoV2 en España.

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